Die Gründung des Zentrums für Gartenkunst und Landschaftsarchitektur geht auf eine Initiative in den 1990er Jahren zurück, als Prof. Dr. Dieter Hennebo und Prof. Günter Nagel in Kooperation mit u. a. Prof. Dr. Hubertus Fischer und Prof. Dr. Kaspar Klaffke die Tagung „Das künstliche Paradies. Gartenkunst im Spannungsfeld von Natur und Gesellschaft“, gefördert von der Stiftung Nieder-sachsen, organisierten. Daraus resultierte die Forschungsstelle für Gartenkunst und experimen-telle Landschaftsarchitektur am Institut für Land-schaftsarchitektur, der Vorläufer des heutigen CGL.
Die eigentliche Gründungsveranstaltung war dann 2001 die von der VolkswagenStiftung geförder-te Tagung „Project Herrenhausen – International Workshop for the Conceptualisation of a Centre for Garden Art and Landscape Architecture“, auf der das dem CGL zugrunde liegende Konzept entwickelt wurde.
Die Fachbereiche Landschaftsarchitektur und Umweltentwicklung sowie Architektur der Universität Hannover beantragten anschließend die Einrichtung des Zentrums für Gartenkunst und Landschaftsarchitektur und der Senat der Universität beschloss am 19. Juni 2002 die Einrichtung des CGL als fachbereichsübergreifende Einrichtung der Universität Hannover.
Seit 2009 zählt des CGL zu den Leibniz-Forschungszentren der Universität.